PYMEPHARCO được thành lập vào năm 1989 với nhiệm vụ sản xuất dược phẩm, kinh doanh thuốc & vật tư thiết bị y tế.
Năm 1993, Công ty thành lập chi nhánh tại thành phố Hồ Chí Minh.
Ngày 21/09/1993 Công ty được Bộ thương mại cấp phép xuất nhập khẩu trực tiếp chuyên ngành về y dược. Đây là mốc quan trọng làm cơ sở cho việc phát triển kinh doanh và mở rộng quan hệ quốc tế. Công ty hoạt động trong cả nước với hệ thống các chi nhánh, cửa hàng, trung tâm giới thiệu sản phẩm, đẩy mạnh liên kết, liên doanh với các đối tác trong và ngoài nước, mở rộng thị phần trong nước và xuất khẩu. Công ty có quan hệ thương mại với các nhà sản xuất, phân phối dược phẩm có uy tín của nhiều quốc gia trên thế giới.
Đầu tháng 10/2003, Nhà máy dược phẩm PYMEPHARCO đạt tiêu chuẩn GMP (ASEAN) chính thức đi vào hoạt động với 3 phân xưởng Beta–lactam, Non–Beta lactam, Viên nang mềm, và rồi trở thành nhà máy đạt tiêu chuẩn GMP-WHO đầu tiên tại Việt Nam vào năm 2005.
Tháng 5/2006 Công ty chính thức chuyển đổi thành CÔNG TY CỔ PHẦN PYMEPHARCO, việc chuyển đổi hình thức tổ chức doanh nghiệp, đem lại nhiều thuận lợi cho khả năng huy động vốn, mở rộng quy mô sản xuất kinh doanh, tăng cường hệ thống phân phối cho mục tiêu phát triển bền vững.
Không dừng lại ở đó, tháng 03/2008 nhà máy sản xuất thuốc tiêm đạt tiêu chuẩn GMP-WHO bắt đầu đi vào hoạt động với 4 dây chuyền sản xuất: dung dịch tiêm, thuốc bột đông khô, thuốc nhỏ mắt và đặc biệt là thuốc bột pha tiêm dòng kháng sinh Cephalosporin. Đây là nhà máy thuốc tiêm được đánh giá hiện đại bậc nhất của Việt Nam và Đông Nam Á vào thời điểm đó.